Yleinen vastuu maataloustukien hallinnosta on maa- ja metsätalousministeriöllä, mutta tukipäätökset tekee yleensä kunnan maaseutuelinkeinoviranomainen. Tällä hetkellä vastuu virheellisistä päätöksistä ja niistä seuraavista vahingonkorvauksista on kunnilla.