Keskustelu helmikardinaaliahvenen pyynnistä Indonesiassa sekä suojeluohjelman aloittamisesta. Lajia ei ole sijoitettu CITES-liitteeseen II, mutta uhka tästä on saanut eri intressitahot sopimaan suojelun aloittamisesta. Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto on kuitenkin luokitellut lajin erittäin uhanlaiseksi.