Muotoiltuun biojätestrategiaan liittyy Suomen luonnonsuojeluliiton sekä sosiaali- ja terveysministeriön eriävä mielipide. Strtegian toimeenpano edellyttää Euroopan unionin tavoitteita nopeampaa aikataulua sekä esikäsittely- ja polttolaitosten rakentamista.